Acabada a guerra civil o anticlericalismo reinante ditou as suas leis. O bispo é expulso e o Governo nomeia António Bernardo da Fonseca Moniz sem confirmação da Santa Sé. É premiado pelos serviços prestados ao Governo Liberal.
Vencida a resistência miguelista, os eclesiásticos nomeados por D. Miguel abandonam os cargos e o Governo fica com poderes para nomear e apresentar as nomeações eclesiásticas. Tudo em nome da Igreja Lusitana. As ordens religiosas são consideradas raiz de todas as desgraças e a sua existência não é compatível com o progresso do século (dec. 23.08.1833).
Muitos sacerdotes ficaram em situações económicas precárias. Foram considerados "rebeldes e traidores". Os religiosos, segundo a idade, saúde e habilitação, ficaram integrados nas paróquias, no Paço Episcopal de São Brás de Alportel e em algumas famílias. Mas houve quem não tivesse eira nem beira.
Nos relatórios enviados à Diocese, os párocos reconhecem que têm nas aldeias muitos sacerdotes "pacíficos", "desempregados" e que não possuem "sufficiencia" para se encarregarem de qualquer atividade pastoral, devido à idade avançada, doença ou reduzida formação cultural. Estes religiosos ficaram em condições económicas precárias e alguns morreram na miséria. Foram as maiores vítimas deste tempo anticlerical. O sistema de assistência não funcionou por incúria, burocracia e falta de dinheiro. Daí o epíteto de mata-frades atribuído a Joaquim António de Aguiar.
A encíclica Mirari vos, de Gregório XVI (Agosto 1832) foi publicada durante a guerra civil e, por causa do Decreto de 2 de Janeiro de 1862, que determinava o concurso público para a provisão de cargos eclesiásticos, a Igreja reagiu contra este decreto e foram publicadas as encíclicas Quanta Cura e Syllabus (1864) e originou uma luta renhida entre liberais e integralistas. No Algarve, em 25 de Janeiro de 1886, D. António Mendes Belo, assim como todos o episcopado português, reafirma a sua adesão a Leão XIII.
O Estado Liberal (1833) intrometeu-se e o Ministério da Justiça e dos Negócios Eclesiásticos e prejudicaram a ação da Igreja. A reforma geral eclesiástica tinha por finalidade prover as igrejas de sacerdotes "cujas acções estejam em harmonia com o espírito do Evangelho". Os clérigos apresentados por D. Miguel eram "maus eclesiásticos e indignos párocos, os quais, afastando-se do espírito do Evangelho, abusaram do seu sagrado ministério, ligando-se a esse partido injusto e feroz contra o legítimo trono e contra a pátria". Os párocos foram usados para o serviço administrativo e eleitoral, como se fossem meros funcionários públicos e os cartórios paroquiais transformaram-se em repartições do Ministério da Justiça. O comportamento e a ação do clero denunciam subserviência e mais crença na Secretaria de Estado dos Negócios Eclesiásticos do que no Evangelho.
A Igreja fica manietada e procura-se, em nome das amplas liberdades da Igreja Lusitana, acabar com a autoridade papal. Uma proliferação de leis e decretos proibiu as ordenações sacerdotais e os noviciados das congregações religiosas, regulou a cobrança das côngruas para a sustentação do clero. Mas o caos foi tão grande que o recebedor e o secretário recebiam mais do que o pároco. Isto é, o poder civil tentou aniquilar a Igreja.
Após o restabelecimento da paz, alguns soldados e oficiais ficaram sem emprego e bateram à porta do Bispo para alcançarem um lugar como serventuários de uma sacristia.
