Neste conturbado tempo nem todo o clero acatou as determinações da Igreja, sobretudo por razões económicas, e alguns foram suspensos e até excomungados quando praticaram actos de usurpação de jurisdição ou tiveram comportamento moral reprovável e foram rebeldes à autoridade eclesiástica. Outros sofreram no corpo a tirania da I República.
Sacerdotes insultados e perseguidos (inventário em investigação)
1. Artur Fernando de Matos. Albufeira. Perseguido e injuriado pela República, não tinha ainda colocação em 1917.
2. David José Pinto Ribeiro Neto. Prior de Monchique. Processado em 1911 «por ter realizado culto fora das horas regulamentares e sem prévia autorização» e «por ter saído com o viático para a rua, igualmente sem licença».
3. Francisco Inácio dos Reis. Prior de Olhão. Perseguido e insultado, em 1912, quando saía de casa por não ter aceite a pensão republicana.
4. João dos Santos Silva. Pároco de Almancil. Substituiu o prior de Santa Bárbara de Nexe, em 1912, e foi injuriado pela imprensa jacobina. Reagiu a todos os insultos e contratempos.
5. Joaquim António Vieira. Prior de Estômbar. Expulso da residência por motivos políticos em 1912. Acabada a euforia republicana, viveu pacificamente.
6. Joaquim da Palma Viegas. Ajudador de Estói e Conceição de Faro. Acusado de ter saído para a rua com vestes talares em 1912.
7. José Francisco Guerreiro. Perseguido por não ter aceite a pensão republicana em 1912.
8. Lúcio Floro Martins. Prior de Lagoa. Sofre arruaças e insultos, em 1911, por causa da existência do Colégio de São José de Lagoa e não haver nenhuma acusação republicana contra si.
9. Manuel Basílio Correia. Redactor do jornal O Notícias de Loulé. Perseguido e injuriado, em 1911, pelo administrador de Loulé, José dos Santos Galo.
Sacerdotes presos e/ou degredados
1. Alexandre Manuel da Silva. Governador do Bispado. Detido e incomunicável durante seis dias e com a casa cercada na mesma ocasião, porque foi censurada vária correspondência que tinha com os sacerdotes. Foi preso pelo administrador de Alcoutim em 1912.
2. D. António Barbosa Leão. Bispo do Algarve. Foi desterrado da diocese a 6.01.1912.
3. António da Graça Cristina. Prior do Azinhal. Aquando da incursão de Paiva Couceiro, foi preso por suspeita de conspiração monárquica. Obteve autorização para sair do país, em 1912, e, alegando falta de segurança, pediu para ficar no Brasil na diocese que o acolhera em 1919.
4. António Martins Coelho. Ajudador em São Clemente, Loulé. Preso por ser considerado conspirador da República. Como a acusação não tinha fundamento foi solto e, em 1912, obteve autorização para se ausentar da Diocese.
5. António Padinha Rodrigues. Pároco em Alvor. Preso durante vinte e oito dias no Quartel de Infantaria 33, em Faro, aquando da incursão de Paiva Couceiro, por suspeita de conspiração monárquica. Processado e acusado de fazer a Procissão dos Passos sem autorização, foi condenado a 15 dias de cadeia, 10 dias de multa, custas e selos. Descontente e desiludido com a situação política, foi para Lisboa e abandonou o sacerdócio.
6. Bartolomeu da Cruz Cunha. Prior de Marmelete. Preso e perseguido, em 1911, ausentou-se da freguesia e da Diocese durante dois anos.
7. Bernardo Luís. Prior de Boliqueime. Preso por caciques, em 1911, ausentou-se da Diocese durante três meses. «Foi este talvez o sacerdote que mais sofreu com a mudança de instituições. A perseguição movida contra ele, embora partisse duma minoria muito insignificante, foi tão atroz e desumana que se tornou insuportável. Ainda assim, só abandonou o seu posto quando a autoridade eclesiástica, vendo resultado inútil o sacrifício da vida do pároco, autorizou a sua saída. A igreja continua fechada».
8. Francisco José Baptista. Prior de Martinlongo. Perseguido e preso, em 1912 ausentou-se para o Brasil e regressou à Diocese em 1916.
9. Evaristo do Rosário Guerreiro. Pároco em N.ª S.ª da Conceição, Tavira. Preso sem qualquer processo organizado, obteve autorização para se ausentar da Diocese em 1912.
10. José António Monteiro. Prior de Odeceixe. Expulso da sua residência por ordem do Ministério da Justiça, em 1912, e sendo preso duas vezes, na última foi levado para Lisboa.
11. José Francisco Soares. Preso em Faro, em 1912, por ser contrário às instituições republicanas. Como não se provou a acusação, foi posto em liberdade.
12. José Joaquim dos Santos Silva. Prior em Santa Maria do Castelo, Tavira. Por ter lido na missa conventual a Pastoral dos Bispos, foi preso no fim da missa em 1911. Foi condenado a 20 dias de prisão correccional e a três meses de multa a 2.000 réis por dia. Por razões políticas, pediu para se ausentar da Diocese, a 11.11.1912, e foi para o Brasil. Regressou ao Algarve e foi nomeado pároco de Alte em 1929.
13. José Lourenço Vieira. Prior de Alvor. Processado e julgado por motivos políticos em 1912.
14. Manuel Basílio Correia. Redactor do jornal O Notícias de Loulé. Foi perseguido, injuriado e preso pelo administrador de Loulé em 1911.
15. Maximiano Barros. Preso em Faro por conspirar contra as instituições republicanas.
Como a acusação não foi concludente, foi posto em liberdade em 1912.
