No dia 22 de Agosto de 1911, foi feito o arrolamento do Paço Episcopal e, no dia seguinte, D. António Barbosa Leão escreveu ao Presidente da Comissão Central de Execução da Lei de Separação sobre o arrolamento dos bens do Paço. A Lei referia-se somente ao arrolamento de catedrais, igrejas paroquiais, capelas, bens imobiliários e mobiliários destinados ao culto público e não a paços episcopais. Mas de nada valeu o seu protesto. A 19 de Outubro enviou um telegrama ao Ministro da Justiça sobre a ocupação do Paço Episcopal:
Comissão Municipal de Faro manifesto despreso do Artigo 111 e outros da Lei de Separação e regimento interno Comissão Central, sem formalidades legais, invadiu parte do Paço Episcopal e varios edificios Mitra de que pretende arbitrariamente dispôs; começaram obras.
A Academia Científico-Literária, do Seminário, ainda organizou uma sessão cultural no dia 29 de Março de 1911. Foi a última deste ano. O Seminário fechou no mês de Maio "pelo desassocego em que se vivia com os boatos e pela nova d’assaltos ao edificio". O Vice-Reitor foi obrigado a desmentir, perante o Governador Civil, os boatos que circulavam na cidade acerca da reacção do Seminário.
Seguidamente, foi efectuado o arrolamento do Seminário. No dia 11 de Agosto de 1911, o Vice-Reitor, Marcelino António Franco, entregou à Comissão de Arrolamento de Faro um "Protesto" contra o acto de arrolamento do Seminário e declara que "cede à força" o edifício. O Estado tomara posse da casa, haveres e bibliotecas .
No mesmo dia, o Bispo do Algarve publicou uma "EXHORTAÇÂO" dirigida aos seus diocesanos, sobre a manutenção do culto e sustentação do clero.
O Seminário "achava-se convenientemente mobilado, tinha bastantes bens próprios, legados por diversos benfeitores para sustentação d’alumnos pobres, possuia uma biblioteca valiosa, e podia dizer-se provido de tudo que é indispensável a uma instituição d’esta natureza. Pois tudo foi arrolado e de tudo se tomou posse em nome do Estado, para ser destinado a outro fim". A Diocese ficou sem os meios necessários para pagar aos sacerdotes professores e formadores do clero, sem instalações e os párocos sem o sustento.
No mês seguinte, no dia 6, o presidente da Comissão Concelhia de Inventário pediu as chaves do Seminário. O arrolamento tinha terminado. Entretanto, foi publicado o decreto da entrega do Seminário à Câmara Municipal de Faro:
Direcção Geral dos Eclesiásticos
2.ª Repartição
Concedido, provisoriamente, nos termos do artigo 104.º da lei de 20 de Abril do corrente ano, à Câmara Municipal da cidade de faro, o edifício do seminário da mesma cidade para aquartelamento do 3.º batalhão de um regimento de infantaria e para internato de estudantes do liceu, com obrigação de entregar ao Ministério das Finanças a renda anual que se fixar, por acôrdo entre a mesma Câmara e comissão encarregada da execução da citada lei, emquanto o referido Ministério dêle carecer para fazer face aos encargos que resultem da execução da mencionada lei e da de 17 de Agosto último. Direcção Geral dos Eclesiásticos, em 19 de Setembro de 1911. O Directo Geral, José Caldas.
(DG 1.ª série, n.º 220, de 20.09.1911
O Governo Civil, a 15 de Abril de 1911, comunicou ao Bispo que ia ser feito o arrolamento dos documentos, livros de escrituração e de registo relativos ao ensino de Teologia, e pedia a presença de um representante da Diocese.
Como havia agitação anticlerical em várias paróquias, alguns sacerdotes tiveram que se ausentar. O serviço paroquial ficou desorganizado e algumas paróquias tiveram que ficar anexas a outras. Afonso Costa, em Junho de 1911, enviou um telegrama ao Governador Civil mandando que os sacerdotes fossem obrigados a prestar os seus serviços aos fiéis, caso contrário seriam punidos. Mas o Bispo, a 4 de Julho, deu-lhe resposta. Diz ao ministro que o clero algarvio sabe quais são os seus "deveres" e que não precisa do parecer do "senhor doutor". (Fernando Pessoa chama ao maçónico Ir… Platão "déspota", "ditador", "jesuíta vermelho" e "destemperada besta").
