Logo após a ordenação fez parte, durante dois anos, da equipa formadora do Seminário dos Franciscanos Capuchinhos. Passada esta fase inicial foi nomeado pároco de Santo André de Poiares em Vila Nova de Poiares com mais duas paróquias anexas – São Miguel de Poiares e Santa Maria da Feira – funções que exerceu durante quatro anos. Concluída esta experiência, seguiu para Beja como coadjutor da igreja do Salvador.
Teve duas experiências como administrador de duas publicações no Porto e em Lisboa, respetivamente nas revistas ‘Paz e Bem’ e ‘Bíblica’.
A sua vinda para o Algarve dá-se em 1962, concretamente para Olhão, e, em 1966, é nomeado pároco de São Marcos da Serra.
Ao fim de 27 anos, acumulou Alte juntamente com São Marcos da Serra, mas coube-lhe deixar a comunidade serrana passados três anos, juntando a Alte a paroquialidade de Querença.
Em 1997, já desgastado pelos 45 anos de dedicação sacerdotal, pede ao bispo diocesano para vir para Faro colaborar com uma das paróquias. Foi acolhido na paróquia de São Pedro, onde colaborou até há poucos anos com o pároco, o padre Manuel Oliveira Rodrigues.
Em 2002, a FOLHA DO DOMINGO entrevistou o padre Manuel Rufino por ocasião da celebração dos 50 anos da sua ordenação sacerdotal. Na altura, o sacerdote testemunhava que a permanência na vida sacerdotal, ao fim de meio século, era a “vitória sobre muitas crises, problemas e desânimos vencidos”.
Garantindo nunca ter posto a hipótese de deixar o exercício do sacerdócio, o padre Manuel Rufino destacava o balanço muito positivo da vivência da sua vocação. “Cometi pecados, erros e desmandos, mas hoje vejo que, de entre os pecados que cometi e o bem que pratiquei, há um saldo muito positivo para o bem”, afirmava.
Como momento mais marcante da sua vida sacerdotal, o sacerdote elegia a vivência do Concílio Vaticano II que celebra 50 anos este ano. “Vivi o Concílio com aquela euforia… Foi o 25 de Abril na Igreja!”, relatava.
O corpo do sacerdote estará ainda hoje em câmara ardente na igreja de São Pedro, em Faro, após a Eucaristia das 18h e o seu funeral será presidido, amanhã pelas 15h, pelo bispo do Algarve, na mesma igreja. O padre Manuel Rufino será sepultado no Cemitério da Esperança, no talhão do clero.
