Durante os primeiros anos no Algarve trabalhou na Caritas Diocesana com os retornados das ex-colónias portuguesas, concretamente no seu acolhimento e integração, uma colaboração facilitada pela sua experiência de vida em África. Mas foi na Casa de Santa Isabel, em Faro, uma instituição que acolhe meninas em risco dos 3 aos 18 anos e que conta também com as valências de creche e pré-escolar, que acabaria por dedicar-se ao longo de 31 anos, sobretudo como diretora técnica.
Paralelamente foi catequista nas paróquias do Montenegro, Conceição de Faro e na Sé de Faro e atualmente era a superiora da comunidade algarvia da sua congregação.
A Casa de Santa Isabel promoveu no passado mês de julho uma homenagem interna à irmã Carmen Motiloa, manifestando o seu reconhecimento pela missão desenvolvida ao longo destes anos na instituição e em ação de graças a Deus pelo seu trabalho.
