Tavira entrou em convulsão anárquica. A revolução estava na rua e venceu o mais forte. Em cada esquina havia um "olhêro" para denunciar. E houve sangue sobre a terra. Uma avalanche de religiosos saiu dos conventos e aderiu à fação de D. Miguel. Em Lagos, Alcantarilha e Lagoa a luta foi também renhida.
Na Diocese do Algarve 27 sacerdotes foram suspensos, dos quais 10 seculares e 17 religiosos, por terem tomado atitudes indignas do estado clerical. Ficaram suspensos os que denunciaram e entregaram às autoridades da sua fação os inimigos, os que se serviram do púlpito para propaganda partidária, os que tomaram atitudes exaltadas, bizarras e fundamentalistas, os que pegaram em armas, os que fizeram balas; e ainda os que tiveram má conduta moral, os que colaboraram em saques de aldeias, em incêndios de casas e de residências paroquiais, em roubos de Igrejas (pratas e dinheiro) e na destruição de documentação (v. g. Alcantarilha, Pechão). Há ainda a considerar mais três fanáticos que foram suspensos por atitudes excêntricas (v. g. "o padre do chocalho", o padre dos "morram os malhados", o padre que colocou o "retrato de D. Miguel, no trono, ao lado do SS.mo exposto") e mãos criminosas. (Os que pegaram em armas pela causa da Rainha não foram suspensos!).
Foram presos 60 sacerdotes religiosos e 19 seculares pela conduta política e por crimes de delito comum.
Foram assassinados à queima-roupa nove sacerdotes, sendo dois religiosos e sete seculares.
Pegaram em armas, defenderam a sua fação, denunciaram, prenderam e mataram 22 sacerdotes, sendo 10 religiosos e dois seculares.
Foram arrolados na maçonaria e na lista de homens perigosos 38 sacerdotes, sendo 28 seculares e 10 religiosos. Eram considerados como os mais influentes, bem conceituados e que não aderiram a nenhuma das fações. (Até humildes sacerdotes da serra foram arrolados em Lagos. E os implicados não sabiam de nada).
Na lista dos miguelistas, mas que não perseguiram ninguém, encontram-se 23 sacerdotes, dos quais 20 religiosos e três seculares. (Algumas dezenas fugiram dos conventos e não estão inventariados. Fugiram para a serra, Alentejo e Lisboa).
Foram perseguidos com muita violência três sacerdotes.
Tiveram um comportamento exemplar, apesar das denúncias, boatos, intrigas, insultos, difamações, perseguições, ameaças de morte e morte de familiares por vingança, 321 sacerdotes seculares e religiosos.
E a Igreja caiu nas garras do regalismo. A Santa Sé com receio de cisma, em determinadas situações, condescendeu com o Governo. Com a Vilafrancada, em Maio de 1823, restabeleceu-se o absolutismo. Outorgada a Carta Constitucional, o clero é convidado a entrar no jogo político. O clero e o bispo são mais uma vez instrumento de propaganda política. Apesar das pressões, a Igreja pretende ter uma atitude neutral. O Papa Gregório XVI publica a constituição apostólica Solicitudo Ecclesiarum (5.08.1831) onde se afirma que não compete à Igreja legitimar ou não um Governo. Mas o bispo do Algarve publicou pastorais em que se apelava a fidelidade a D. Miguel.
Neste conturbado tempo para a igreja algarvia (1832-1851) o Seminário de São José não funcionou, mas alguns párocos tinham no seu presbitério alunos que se prepararam para o sacerdócio: O prior de São Brás de Alportel, cónego António da Costa Inglês, Padre Mestre Vicente Maior do Rosário, o Padre Mestre João Paiva Correia e o cónego Rasquinho. O Seminário serviu para hospedar a tropa e oficiais de passagem por Faro e para Aulas Públicas de Latinidade.
D. Bernardo António de Figueiredo, com as lutas liberais terminou o ano letivo do Seminário em Maio de 1828. D. Miguel é aclamado rei em Faro (29.04.1828) e o bispo assiste ao ato. Os apoiantes de D. Miguel são derrotados no Cabo São Vicente (5.06.1833) e a cidade de Faro é ocupada no final do mês. O bispo retira-se da cidade apesar de ser convidado a regressar pelo Duque de Palmela.
