Após a implantação da República, com a lei de Separação, a sustentação do clero é grave: Alguns sacerdotes vivem pobremente, mas fazem tudo «pelo amor de Deus». D. António Barbosa Leão escreve uma Exortação (11.08.1911) aos diocesanos sobre o problema da sustentação do clero e pede uma contribuição. Lamenta que nos comícios os arruaceiros (díscolos) fomentem a ira contra o clero e que os padres sejam presos por motivos «fúteis». Não compreende como é possível que caciques andem pelas freguesias a ameaçar o povo com prisões, multas, aumento de impostos se contribuírem com alguma coisa para a sustentação do clero e do culto. E o Bispo acrescenta:
Não pedem muito os meus padres. Ficariam satisfeitos, ou pelo menos conformados, se os não vexassem ou embarassacem, sem motivo no exercício das suas funções; se os não perseguissem (…).e se quando houvessem de ser presos, ao menos o fossem pelo regedor ou por qualquer agente da autoridade. Não pedem privilégios, mas que ao menos lhes não faltem a protecção do direito comum. O que está acontecendo dá ideia da anarquia, e eu morreria de tristeza se visse que a minha Pátria, cuja história e recursos eu conheço, teria de desaparecer no caos produzido pela falta de respeito ao princípio da autoridade
O Diário do Governo, segundo Afonso Costa, só deve publicar documentos que dão «força ao regime». António José de Almeida insurge-se contra a ditadura de Afonso Costa e protesta porque vários jornais ficaram suspensos: «A República não é quinta de regalo do Sr. Afonso Costa». Há reclamações porque os bens imóveis das igrejas passam para o Estado, mas Afonso Costa dá sempre a mesma resposta: «uma escola aí bem mantida e regida é muito melhor que trinta passais e trezentos abades».
A 26 de Outubro de 1911 o Bispo enviou ao Governador Civil um extenso ofício protestando contra as arbitrariedades da Comissão Municipal de arrolamento, sobre a ocupação do Seminário Episcopal e dos edifícios da Mitra. Mas não evitou a posse pelo Estado dos bens da Diocese.
Em Novembro, o Bispo chamou os seminaristas e teve de alojá-los no seu paço. Eram apenas seis. Com este pequeno número de alunos e por causa da perturbação, a Academia deixou de ter actividade.
Sabendo que ia ser expulso da Diocese, a 8 de Janeiro de 1912, ainda escreveu ao Governador Civil protestando contra as arbitrariedades da Comissão Municipal do arrolamento, mas não teve resposta. E acrescenta:
Ainda não sei o motivo porque sou tratado pelas autoridades de Faro como um malfeitor, chegando a ter, já por várias vezes, também agora, a casa guardada pela polícia. A V. Ex.ª peço as necessárias providencias para que eu possa, sem mais vexames e violência, retirar quando quiser, deixando acautelado tudo o que me pertence e sobre que tenho responsabilidade.
D. António Barbosa Leão enviou um extenso protesto ao Presidente da República contra o «soberano desprezo» pelos Bispos e põe em causa os conhecimentos jurídicos de Afonso Costa. Salienta a ilegalidade do Decreto de expulsão (se houvesse crime, seria punido com «prisão»), as inexactidões, as afirmações gratuitas, a falta de razão dos argumentos, a «privação de residência» (eufemismo engenhoso do desterro), a arbitrariedade e a tirania infligida aos bispos: «Nós, os Bispos Portugueses, temos sido tratados com soberano desprezo (…) sem sermos sequer ouvidos, nem nos ter reconhecido o direito de defesa, o que se não faz aos maiores criminosos».
E termina, dizendo:
Acusam-nos de sermos perturbadores: e porquê? Na verdade o Sr. Ministro da Justiça, num dos seus relatórios, afirmava com discutível delicadeza e indiscutível falta de verdade que o procedimento dos Bispos (…) assumiu um carácter de acintosa e perversa má vontade, simplesmente e propositadamente perturbadora da ordem pública, cujos processos não tardam a tocar as raias dos delitos contra as instituições. Senhor Presidente da República Portuguesa, o Estado entrou na Igreja, tomou conta do que legitimamente lhe pertencia, lançou algemas a todos os seus membros, e bradando: liberdade de consciência, liberdade de cultos, diz, com soberano desprezo, à Igreja Católica já espoliada e escravizada: ajoelha diante de mim, que sou o teu Senhor e…sê livre. E nós Bispos, e nós sacerdotes, e nós católicos, depositários da verdade que dá a liberdade, havemos de aceitar as algemas e beijar a mão do algoz? Não e nunca!
