A Diocese não estava preparada para receber os religiosos que moravam nos conventos. Durante o conflito, alguns fugiram do convento com medo de represálias e regressaram à terra natal ou emigraram. Outros tomaram partido por uma das fações e surgiu a anarquia. Quando os conventos foram extintos e confiscados os seus bens, a situação agudizou-se e houve religiosos que não tinham para onde ir nem meios de subsistência. Uns apoiaram D. Miguel, aceitaram cargos eclesiásticos e políticos, mas quando se instalou o governo da Rainha sofreram as represálias, outros pegaram em armas. Mas havia religiosos que não tinham habilitação própria para o múnus paroquial pela fraca instrução ou pela avançada idade e saúde precária. A Igreja do Algarve procurou, no entanto, inserir o maior número de religiosos mais aptos nas paróquias. Facilitou-se a habilitação, nem sempre houve exames para os cargos e foram colocados sacerdotes com formação deficiente nas paróquias.
Para além dos religiosos algarvios, aportaram no Reino do Algarve religiosos fugitivos de outros lugares e não houve a necessária informação. Não se averiguou o curriculum vitae, a idoneidade e a sua aptidão. Apareceram religiosos que tinham fugido dos conventos, que não obedeceram aos seus superiores e tiveram guarida no Algarve. O Governador da Diocese e o Bispo foram acusados por alguns sacerdotes de colocarem pessoas inábeis e o bispo de ordenar de presbítero pessoas indignas que passado um mês já tinham desaparecido. António Bernardo da Fonseca foi nomeado Bispo do Algarve e não foi confirmado pela Santa Sé (bispo cismático). Veio para o Algarve ao serviço da Rainha (em Coimbra teve a mesma atitude) e a sua tarefa foi vigiar o comportamento dos padres apoiantes de D. Miguel, suspendê-los ou tirar-lhes os cargos que exerciam, para não terem meios de subsistência, e não para pôr ordem na anarquia reinante.
Também sofreram perseguição política os que mantiveram a neutralidade durante o conflito, por não apoiarem a causa da Rainha ou conviverem com os miguelistas.
A anarquia instalou-se e com muita dificuldade a Igreja controlou a situação nas paróquias. No meio desta contenda, houve quem apostatasse, quem perdesse o uso da razão e quem enveredasse pela bebida e pela vida de vagabundo. Há ainda a registar os idosos e doentes (poucos) que morreram de "desgosto" com um ataque de "apoplexia". Mas houve também muitos clérigos que enfrentaram a situação sem medo, que tentaram pôr cobro ao descalabro do governo da Diocese.
As informações obtidas são do Vigário da Vara de cada uma das vigararias e dos priores e coincidem no essencial. (Há variantes nos nomes e nos institutos religiosos). Mas as listas estão incompletas. Extraviaram-se vários fólios. O inventário foi completado pelas informações contidas nas provisões de nomeação de cargos eclesiásticos e nos processos do clero. O rol dá-nos uma visão do que se passou na Igreja do Algarve.
A maior parte do clero diocesano aderiu a D. Pedro e alguns foram perseguidos violentamente pela fação de D. Miguel. Outros tiveram de fugir ou foram presos e deportados pelo "crime de rebelião", isto é, por não terem assinado o termo de aclamação a D. Miguel, e serem afetos à "Constituição desorganizadora, perniciosa e destruidora". O elenco da chocarrice acusatória é vasto e trivial e opõe-se a uma declaração abonatória das vítimas. A acusação dos vereadores miguelistas da Câmara de Lagos até pode servir de "modelo" para situações idênticas: "No púlpito como em particular é um exaltadíssimo constitucional, ensinando doutrinas contrárias à sã moral, ao altar e ao trono, a ponto de proferir blasfémias".
