Em 9 de Setembro de 1912, a Direcção Geral dos Eclesiásticos mandou um despacho para entregar o Seminário ao Ministério da Guerra. A Câmara Municipal cedeu o andar térreo: 14 janelas da fachada principal a partir do cunhal sueste que englobava 24 compartimentos; mais 10 compartimentos no mesmo corpo perpendicular à fachada principal, isto é, três compartimentos do primeiro andar. Dada a extinção do internato, cedeu também o restante edifício ocupado pelo dito internato. O edifício foi cedido pelo Município "unicamente para o fim de nele ser instalado um quartel de tropas, revertendo para o mesmo Município logo que deixe de lhe ser dado esta aplicação". Além disso, o Município não se responsabiliza pelo pagamento de rendas "que de futuro lhe possam vir a ser exigido pelo Estado, a quem o edifício pertence, devendo esses encargos ficar à responsabilidade do Ministério de Guerra". A Comissão aprovou, por unanimidade as bases deste acordo e deu todos os poderes ao Presidente da Câmara para assinar esta cedência do edifício ao Ministério de Guerra.
A Comissão Central de Execução da Lei da Separação, pelo ofício 3.069, de 4 de Novembro de 1912, participa que o Ministério da Guerra, em 9 de Maio, em virtude do acordo celebrado entre o Ministério e a Câmara, a renda anual seria de 150$000 réis.
Mas o Ministério da Guerra desejando todo o edifício, pediu autorização ao Ministério da Justiça para o ocupar. No dia 10 de Novembro, na secretaria da Câmara Municipal, fez-se a escritura da cedência de todo o edifício do Seminário, em virtude de não reabrir o Internato Liceal, mas não foi assinada por não haver ainda autorização do Ministério da Justiça nem base jurídica para tal. Na mesma ocasião foi renovado o pedido ao Ministério da Justiça:
Alguma imprensa regional aplaudiu a entrega do Seminário ao Ministério da Guerra. Esta decisão foi mais "uma gloriosa libertação" dos "malvados parasitas".
Em 28 de Janeiro de 1914, D. António escreve uma carta aos seus diocesanos e declara que fora obrigado a residir fora da Diocese durante dois anos: Durante a sua ausência, o cónego Manuel Alexandre da Silva, Governador do Bispado, e com a ajuda do cónego Marcelino António Maria Franco, manteve a união e a disciplina, alento e confiança entre o clero e fiéis algarvios.
Entretanto, com a agitação política, o Bispo do Algarve foi obrigado a reorganizar, pacientemente, a Diocese. Por Provisão de 16 de Outubro de 1915, ficou extinta a Vigararia de Alcoutim (Alcoutim, Pereiro e Giões) e ficou a fazer parte de Castro Marim. Por outro lado, por conveniência de serviço, foi criada a Vigararia de São Brás de Alportel (São Brás, Cachopo, Ameixial, Vaqueiros e Martinlongo), por Provisão de 16 de Outubro de 1915. O primeiro Vigário da Vara foi o Prior Passos Pinto, de São Brás de Alportel.
D. António Barbosa Leão, tendo regressado ao Algarve depois do desterro (Janeiro de 1914), continua a luta pelos direitos da Igreja e não tem medo de enfrentar as autoridades. O Núncio Apostólico de Lisboa congratulou-se com o seu regresso à Diocese (17.01.1914). O Administrador do Concelho de Faro, em 11 de Fevereiro de 1914, queria impedi-lo de tomar parte em cerimónias cultuais na Sé de Faro. E a razão era simples: o edifício pertencia ao Estado. No dia seguinte, o Bispo respondeu frontalmente ao administrador:
Acuso a recepção do ofício de V.ª Ex.ª, datado de 11 de corrente, no qual depois de dizer que não crê que eu me proponha tomar parte em cerimónias cultuais num templo do Estado, se digna chamar a minha atenção para o disposto no Art.º 94 da Lei de Separação, afim de evitar que a Administração do Concelho se veja forçada a promover a sanção prevista pela mesma Lei. Não me são indiferentes, antes me penhoram as intenções de V.ª Ex.ª, mas seja-me permitido dizer que terei muita satisfação em dar explicações e assumir responsabilidades do meu procedimento perante os tribunais, ou perante quaisquer autoridades que tenham direito a exigir-mas.
