O Bispo D, António Barbosa Leão apelou ao clero para que contribuísse para a construção de um novo edifício. E levantou-se uma nova casa onde os seminaristas se instalaram no dia 8 de Junho de 1916. Com este novo edifício foi possível reorganizar as academias, conforme as circunstâncias o permitiram, segundo uma Provisão de 14 de Dezembro.
As festas organizadas incluíam no programa diálogos cómicos, quadros bíblicos, operetas, poemas em língua portuguesa, francesa e inglesa.
Apesar das limitações, de 1914 a 1933, a academia organizou as seguintes festas:
1914 – Entrudo (4 de Fevereiro), 4 de Abril, 6 de Maio, 3 de Junho e 4 de Novembro.
1915 – 6 de Janeiro, 4 de Abril, 5 de Maio, 2 de Junho, 3 de Novembro e 8 de Dezembro. Este ano a Academia utilizou também o salão do Paço Episcopal, «visto já por mais duma vez lhe ter sido posta á sua disposição».
1916 – 3 de Março e 5 de Abril. 1917 – 20 de Fevereiro, 11 de Novembro, 8 e 24 de Dezembro.
1918 – 12 de Fevereiro. 1919 – 6 de Janeiro, 12 de Fevereiro e 4 de Março.
1925 – 22 a 24 de Fevereiro. 1926 – Carnaval.
1927 – Carnaval e 9 de Agosto.
1928 – 19 a 21 de Fevereiro e 19 de Março.
1929 – 16 de Dezembro.
1930 – 2 a 4 de Março.
1932 – 12 de Fevereiro.
1933 – Carnaval.
O Cónego Marcelino António Maria Franco, na abertura do Seminário, em Outubro de 1916, afirmou:
Quem em Outubro de 1910 assistisse ao estalar da tempestade e visse dentro de um anno o furacão arrastar no seu torvelinho pessoas, casa, recursos, tudo, mal podia supor que hoje se inaugurasse um novo anno, apresentando-se o nosso Seminário completamente repovoado e munido não digo de tudo quanto é necessário a uma casa destas, mas de tudo quanto é indispensável ao seu regular funcionamento.
(…) Está ainda na mente de todos que o anno lectivo de 1910-1911 um dos mais auspiciosos para o Seminário: ia ele ter um curso de Teologia como durante o último quarto de século nunca tivera. O externato e o aumento nos últimos anos do internato, em que de longe se vinha empenhando os venerandos prelados Mendes Belo e Barbosa Leão eram garantia de que a Diocese, dentro três anos, teria o clero mais de suficiente para as suas necessidades religiosas.
A revolução, porém, com os seus sustos, ameaças e tristes previsões de futuro, levou para longe uma boa parte destes alunos porventura a que melhor seria aproveitada: e, assim, tendo recolhido todos, à excepção de um, a suas casas, no dia 7 de Outubro, de 35 que eram, quando o Seminário reabriu em 1 de Novembro seguinte, apenas 19 voltaram.
Foi este um dos anos mais tormentosos. Os gritos que vinham de fora, apregoando que o padre devia ser esperado na ponta das espadas ou na boca dos revólveres, e os assaltos em perspectiva e que estiveram iminentes, tudo havia de ter as suas naturais e desgraçadas consequências.
Vieram as férias grandes e os alunos que nessa altura foram para suas casas eram já somente 11.
(…) E assim a 10 de Agosto de 1911, lá começou a ser tomado o edifício, o mobiliário, a livraria, todos os recursos monetários (foros, juros títulos), as imagens, paramentos, alfaias, vasos sagrados, tudo… de que puderam lançar mão, abafando-se a voz da justiça que clamava nada pertencer ao Estado, porque até este, cobrando havia mais de 40 anos, a contribuição predial, reconhecia o edifício como propriedade, que não era sua. Confesso que as cenas que então se passaram sobretudo a da minha expulsão com os meus colegas da disciplina e com os criados, feita no dia 6 de Setembro de 1911 por um agente oficial, da casa onde eu fora educado, onde passara as horas mais gratas da minha juventude, e os cuidados mais inquietantes do meu polido zelo por aqueles que me estavam confiados, são uma destas recordações tão tristes, tão sentidamente tristes, que elas pesarão eternamente na minha alma sem alívio, nem consolação.
(…) Arrendou-se uma casa junto daquela em que estavam albergados quando foram expulsos do Paço.
(AHDA Livro de Actas do Conselho Litteraio do Seminario Episcopal de Faro, 1916)
Antes do despacho da cedência do Seminário ao Ministério de Guerra houve negociações com a Câmara. O Comando da 4.ª Divisão Militar, pelo Ofício 1046, pede indicação da parte do edifício que a Câmara se propõe ceder para o aquartelamento do 3.º Batalhão, a fim de ser lavrado o auto de cedência, e está disposto a fazer uma conferência em conjunto para se resolver a questão. Houve também o problema do pagamento da água a utilizar pelo aquartelamento.
